Så.. om jag förstår dig rätt så är det bara i dessa två projekt som du har problem? Har du provat att starta ett nytt projekt med liknande instrument och bara spela in något snabbt för att se om det blir samma problem?
Testa att inaktivera core-audio när du är inne i ett av dom "jobbiga" projekten, det gör du under preferences - audio (bocka ur enable). Sedan bockar du i samma ruta igen och testar.
Om det inte funkar heller, då skulle jag nog lyfta ut audio/midi och starta ett nytt projekt och ta bort det gamla.
Ljudkortet är alltså uteslutet då. Eftersom det är samma med det interna, jag hade liknande problem, men då var det drivrutinerna för ljudkortet, dvs att det interna fungerade bättre.
Har du några andra problem med datorn? Fått kernel panic någon gång eller att den slutat fungera på annat sätt?
Du skulle kunna testa att bränna en .iso med memtest och boota från denna skiva. För att kolla minnet, men då borde du som sagt ha andra problem med datorn också, inte bara i Logic och inte bara ett par projekt,
http://www.memtest.org/