Vad jag kan tänka mig är att MBR (master boot record) har trasslats till en del. Bara utifrån det du beskriver, skulle jag börjat med att testa följande:
* Starta Windows-installationen och starta till kommandoprompt. Minns inte vad det heter exakt, men det kan vara något i stil med Reparationsprompt.
* Väl ute där, skriv "fixmbr c:", programmet kommer då skriva en ny master boot record.
* Starta därefter om, denna gång med Ubuntus installationsskiva, använd fdisk och ta bort alla partitioner, spara ändringarna till disk (tangenten w).
* Starta om igen, åter med Windows installationsskiva, och installera som vanligt. Då borde Windows-installationen be dig partitionera hårddisken och därefter formatera den till NTFS. Förhoppningsvis med allt utrymme tillgängligt. Det är även nu du partitionerar upp hårddisken enligt egna önskemål om du vill ha flera.