Njae, inte på grund av partitionerna i sig, och inte på grund av att datorn får fler enheter att hålla reda på.
Tvärtom, vad man eventuellt skulle kunna vinna prestanda på är att man låter de filer som inte Tvärtomändras ligga på en partition, och låter en partition vara en "arbetspartition". På så vis kan du minska risken för fragmentering, vilket ökar prestandan. Men om du defragmenterar disken då och då, samt ser till att inte fylla hårddisken till bredden - då är det inget problem.
Glöm inte att flera partitioner kan vara begränsande också. Om du delar upp din externa i 50GB-partitioner och senare märker att någon partition du behöver skriva till är full medan den andra är tom - då är det inte helt enkelt och gratis att ändra storlekarna på partitionerna.
EDIT: I Unix/Linux är detta inget problem, då hanteringen av partitioner och filsystem är oerhört mer genomtänkta (och till viss del också mer komplicerade). Rätt hanterat, går det att ge en partition mer utrymme genom att slänga på en hårddisk till.